东林党人因东林书院而得名。万历三十二年(1604年)，顾宪成等修复宋代讲学的东林书院，与高攀龙、钱一本等讲学其中。顾宪成、高攀龙等在书院讲学的八人，被称为“东林八君子”。东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。东林人士为匡正时弊讽议朝政、评论官吏，既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张。他们要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪纵枉法。这些针砭时政的主张得到当时社会的广泛同情与支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对。两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的竞争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林党”而加以无端攻击诋毁。这就是“东林党”的来历。
天启年间，东林党由于扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星、礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人或东林的支持者，可以说明朝的军事、政治、文化、监察和人事大权全都被东林掌握，他们从在野的清流成为了主持朝政的主要力量，《明史》记述此时：“东林势盛，众正盈朝。”按理说，这是他们治理国政的最佳时机。然而此时，东林党人与阉党集团之间因朝政争论相互攻击达到公开不可调和地步。
天启五年(公元一六二五年)魏忠贤对东林党采取了残酷的镇压行动，他借熊廷弼事件，诬东林党的左光斗、杨涟、周起元、周顺昌、缪昌期等人(后来这5人加上自杀的顾大章被称为 “前6君子”)有贪赃之罪，大肆搜捕东林党人，许多著名的东林党人冤死狱中，天启六年，魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升7人，(史称“后七君子”)东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。 明崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团。同时昭雪平反东林党人冤案。并下旨修复东林书院。东林党人虽然又一度入阁，但不久，到袁崇焕被捕治罪以后，东林党人又被迫退出内阁。