努尔哈赤在统一女真各部的战争中，取得节节胜利。随着势力扩大，人口增多，他于明朝万历二十九年(1601)建立黄、白、红、蓝四旗，称为正黄、正白、正红、正蓝，旗皆纯色。四十三年，努尔哈赤为适应满族社会发展的需要，在原有牛录制的基础上，创建了八旗制度，即在原有的四旗之外，增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗(镶，俗写亦作厢)。旗帜除四整色旗外，黄、白、蓝均镶以红，红镶以白。把后金管辖下的所有人都编在旗内。其制规定：每300人为1牛录，设牛录额真1人;5 牛录为1甲喇，设甲喇额真1人;5甲喇为1固山，设固山额真1人。据史籍记载，当时编有满洲牛录308个，蒙古牛录76个，汉军牛录16个，共400个。此时所编设的八旗，即后来的满洲八旗。清太宗时，又建立蒙古八旗和汉军八旗，旗制与满洲八旗同。八旗由皇帝、诸王、贝勒控制，旗制终清未改。初建时，不但在军事上发挥重要作用，而且具有行政和生产职能。清朝统一，太宗皇太极为加强对旗人的束缚，增强了八旗制的军事职能，并为扩大军事实力和笼络人心，又建立了汉军八旗和蒙古八旗。各旗有军营、前锋营、骁骑营、健锐营和步军营等常规伍，司禁卫，云梯和布阵等职。另外，设立了相礼营、虎枪营、火器营和神机营等特殊营伍，演习摔跤、射箭、刺虎和操练检枪等。由于清初诸帝很重视枪炮武功等实战本领，八旗军在平定三藩，收台湾各抵御沙俄侵略等战斗中都取得了辉煌战绩。八旗兵分为京营和驻防两类。京营是守卫京师的八旗军的总称，由朗卫和兵卫组成。侍卫皇室的人。称朗卫，且必须是出身镶黄、正黄和正白上三旗的旗人，如紫禁城内午门、东西华门、神武门等由上三旗守卫。
八旗组织中蒙古旗与汉军旗的建立比满洲旗稍晚。清太宗皇太极天聪三年(1629)时，已有蒙古二旗的记载，称为左右二营。八年改称左翼兵和右翼兵。九年，后金在征服察哈尔蒙古后，对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审，正式编为蒙古八旗，旗制与满洲八旗同。汉军单独编为一旗，据考证是在天聪五年正月(一说天聪七年)。皇太极崇德二年(1637)分汉军为二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵为四旗，七年正式编为汉军八旗，旗色与满洲八旗同。从明万历四十三年八旗制度建立，直到清崇德七年才完成八旗组织三个部分二十四旗的组织建设，八旗每一旗下都包括满洲、蒙古、汉军三个部分。
八旗又有上三旗与下五旗的区别。顺治七年(1650)底多尔衮死后，清世祖福临为了加强对八旗的控制，对八旗的顺序进行了调整。由皇帝控制的镶黄、正黄、正白三旗，称为上三旗;由诸王、贝勒统辖的正红、镶红、正蓝、镶蓝、镶白五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领(俗称外佐领)和府属佐领(俗称内佐领)的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼;正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。
禁卫军制清朝定都北京以后，绝大部分八旗兵丁屯驻在北京附近，戍卫京师的八旗则按其方位驻守，称驻京八旗，俗称京旗。另抽出一部分旗兵派驻全国各重要城市和军事要地，称驻防八旗。驻京八旗负责皇宫和京师的安全，实即禁军。清禁卫军制大类有二，即郎卫和兵卫。郎卫即指御前近卫，专门负责皇帝及后妃等的警卫与服务，其内部又根据具体任务的不同，设置侍卫处、銮仪卫、善扑营等不同的机构。侍卫处初选上三旗子弟中才武出众者分班入值，掌上三旗侍卫亲军之政令，供宿卫扈从之需。銮仪卫亦系侍从武职，掌管帝、后车驾仪仗等机构。宣统元年(1909)避溥仪名讳，改为銮舆卫。善扑营，顺治初年曾设善射鹄、善强弓、善扑等侍卫，各有专管，统在三旗额内。康熙八年为惩治鳌拜专横乱政，选侍卫中一部分年少有力者练习扑击之戏，鳌拜入见时，即令侍卫等掊而絷之，于是有善扑营之设。该营专习掼交、射箭、赛马等技艺，供皇帝游玩宴乐时表演。兵卫即指京师及宫禁的警卫，也根据不同的任务及防卫的需要，分设前锋、护军、步兵等不同的营制。
八旗的驻防入关以前，已有八旗驻防之设。清统治全国以后，分为畿辅驻防、满洲驻防和各直省驻防。畿辅驻防为守卫京师附近地区，包括保定、张家口、热河、察哈尔及木兰围场等地。各省驻防多为省会或重镇。八旗驻地及兵额，视各代而有增损、裁并，但变化不是太大。清末全国驻防共有817个佐领。
八旗在全国各地驻防，一般不设都统。在重要地区如盛京、吉林、黑龙江、江宁、杭州、福州、广州、荆州、西安、成都、绥远等处设将军。凡设将军处下设副都统。将军为该地区的最高军事长官，但不理民政。后热河、察哈尔由副都统升为都统后，即为该地区长官。
八旗的旗务管理无论满洲、蒙古或汉军，均由固山额真管理。顺治十七年，固山额真一律改称都统。各旗均设都统一人，副都统二人。雍正元年，设八旗都统衙门，由上述各旗都统二十四人及副都统四十八人组成，掌满洲、蒙古、汉军八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋。凡八旗之方位，京师及各地之驻防，陵寝守卫，壮丁编审，选子弟充执事，选送秀女，以授地之法定八旗世业，奴仆管理，田租定额，房产购置，红白赏恤，选送俊秀入官学出具考试名册，会选旗营官员，功过劝惩，世职袭废，稽户丁，定兵额，选马甲等等，无不统一管理。
八旗的兴衰八旗制度建立在“兵民合一”的基础上，入关前没有兵饷规定。天聪四年皇太极说：“满洲出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”当时，兴京(今辽宁新宾)内城居宗室勋戚，外城居宿卫亲兵万余。此外远近十余万户，散处辽河东西，无事耕猎，有事征调，征调时所发行粮也很有限。清统治全国以后，八旗兵饷的主要形式是坐粮，包括钱、粮两部分，从征时发给部分行粮。八旗兵丁按其兵种可分为亲军、前锋、护军、领催、马甲、步兵、炮甲、养育兵、匠役等，其兵饷的数量亦有所差别，且时有增损。
清军入关，满族人口大量涌入北京及其附近地区，为了安置八旗官兵和闲散人口的生活，从顺治元年底至康熙四年清政府共进行了三次大规模的圈地运动(见图地令)，八旗满洲、蒙古、汉军官兵三次共分得旗地二百三十三万五千四百七十七晌零九亩。八旗兵丁的份地为五晌(一晌约六亩)，终清没有大的变化。兵丁份地大多数靠本人带同家属从事耕种，后迫于生计被典押出去。清初规定旗民不交产，几经反复，直到光绪三十一年才最后取消禁令。
清统治全国以后，由于八旗制度的严重束缚，八旗兵丁生计日渐拮据。八旗生计问题主要是北京正身旗人的生活问题。康熙、雍正时业已出现，乾隆初更趋严重，从而引起清统治集团的严重关注。康熙、雍正时曾先后赏赐银两数次，但不久即罄尽无余，于是增加兵额，扩大食饷面。雍正二年始设教养兵，后改称养育兵，给予钱米。光绪时养育兵共计27408人，清末达到29407人。乾隆时曾准许京城和各省驻防汉军八旗出旗为民，令其各得生计。但直至清末，八旗生计问题非但没有解决，而且陷于贫困的境地。
八旗制度从正式建立到1911年辛亥革命后清朝覆灭，共存在296年。它是清王朝统治全国的重要军事支柱，曾在中国历史上起过积极和进步的作用，为发展和巩固多民族统一的国家、为保卫边疆防止外来侵略等都作出了重要贡献，对满族社会的发展，更起到不可磨灭的作用。随着历史的嬗变，八旗制度中落后的一面也日益明显，严重地束缚了满族人民的发展，在征战中的作用也愈来愈小。八旗制度与清王朝的命运紧密地联系在一起，经过了由盛而衰、由衰而亡的整个历史过程。