梁末侯景之乱,陈霸先率兵去增援京都健康,蔡路养发兵去阻止,萧摩诃当时只有13岁,但武艺超群,单枪匹马出战,军中没有人敢阻挡。蔡路养战败后,萧摩诃归附了陈将侯安都,且经常随之征战,侯安都待他很好。北齐任约、徐嗣徽率大军进攻陈时,陈武帝派侯安都率军在钟山和北郊坛抗击齐军。在作战中侯安都坠马被齐军围困,萧摩诃单人独骑,大声呼号着直冲齐军,齐军敌不过他的勇猛,慌忙退却,终于将侯安都救出重围。由于战功卓著他被任命为巴山太守。573年陈军北伐中原,萧摩诃跟随都督吴明彻渡过长江向秦郡进攻。此时,北齐派大将尉破胡等将领率10万大军增援,前队有“苍头”、“犀角”、“大力”等名号,身高八尺开外,锋芒锐利;又有西域少数民族将领善于使用弓箭,能达到弦无虚发的程度,陈军很害怕。准备交战的时候,吴明彻对他说:“如果能将胡人致于死地,他们的军队就失去了锐气;您有关公、张飞的勇名,可以像关公斩颜良那样大显身手。”萧摩诃说:“愿意先认识一下他。”吴明彻就派人打听那西域将领的特征,得认后萧摩诃直冲齐军阵地,当那个西域将领正要挽弓发箭时,他从很远地方投掷标枪之类的兵器,正好击中前额那人倒地而死。北齐军“大力”队中10余人出战,都被萧摩诃斩杀,齐军失败而逃走。因为这次军功,摩诃被封为廉平县侯,又转任太仆卿等职。以后他又跟随吴明彻进攻宿预,打败齐将王康德,以军功升任晋熙太守。
公元577年,吴明彻进军吕梁地区和齐军大战,摩诃带领7骑首先冲入齐军阵地,夺取齐军大旗,北齐军溃散,此次战役后他被任命为谯州刺史。周武帝灭齐后,派将领宇文忻争夺吕梁地区,宇文忻拥有精骑兵数千,而萧摩诃只带领12名骑兵冲进周军阵营,纵横奋击杀死多人,周大将王轨来增援时,集结军队长围连锁在吕梁河下游来断陈军后退之路。萧摩诃对吴明彻说:“听说王轨开始封锁吕梁河下游,并在两头修筑城堡,现在城堡还没有修好,您若同意出兵,周军一定不敢和我们交战;如果等城堡修好后,我们就要当俘虏了。”吴明彻没有同意他的意见,他大惊失色非常意外地退了出去。大约经过十天左右的时间,陈军水路被周军切断,周军排兵布阵基本就绪。萧摩诃又请示吴明彻赶快突围,他带领80名精骑兵,夜间率先冲出重围,天亮时陈大军都退到淮南,宣帝任命他为右卫将军。
当隋总将贺若弼镇守扬州时,陈后主叔宝派萧摩诃前去抵御,并授给徐州刺史一职;公元589年后主诏萧摩诃还朝,贺若弼乘虚渡过长江,攻击京口(今江苏镇江市)。萧摩诃请求率兵征战,后主不同意,等到贺若弼进攻到钟山时,他又要求出兵后主还是不同意,直到隋军兵临城下,陈后主才命令萧摩诃决一死战,结果失去战机陈军大败,死伤5000余人,陈后主被捉,萧摩诃身负重伤被隋军捕获,贺若弼用刀架在他的脖子上,他面不改色心不跳,泰然自若,后被以隆重礼节释放。隋文帝杨坚听说了萧摩诃的为人后说:“真是壮士啊!”
入隋朝后,他被任命为开府仪同三司,不久跟随汉王杨谅守并州。隋炀帝杨广即位后,汉王杨谅起兵反杨广,因事情败露,受牵连和杨谅一起被杀,时年73岁。