依照十九世纪的海上国际惯例，商船需悬挂国旗方能进行贸易，否则将被视为海盗船。因为清朝尚未制定国旗，许多中国商船悬挂外国国旗，有时会引起其他国家商人的误解，加之语言不通、观念不同，这种误解往往酿成事端。第二次鸦片战争导火索之一的亚罗号事件，就是因为一艘中国商船悬挂英国国旗，引发误会和纠纷，最终演变为外交事件。亚罗号事件后，美国驻华公使列卫廉和一些商人建议清政府“仿各国成例，制定一种国徽，俾便商民尊用。”然而清政府后来仅在《华商买用洋商火轮夹板等项船只章程》中规定，禁止中国商船悬挂外国旗。清政府并未设计本国旗帜，更谈不上设计国旗。就这样，国旗的事情就拖了下来。
清政府此时忙着剿灭太平天国，急需有力的水上打击力量。西方列强纷纷提出派军舰“助剿”，并建议清政府购买船炮。中国海关总税务司李泰国和皇家海军上校阿思本很快订购了7艘舰船组成“英中联合海军舰队”，阿思本还招募了600名海军官兵，派到各舰任职。为了使兵船区别于其他国家的船只，李泰国和阿思本为船队设计了一面旗代表大清国———长方形，绿底，黄色对角线交叉，中心嵌黄龙图案。李泰国解释说：“之所以选用绿色乃其罕为欧洲列强采用，故不致与任何其他国家之旗帜混淆。”最终因舰队指挥权的问题，阿思本舰队胎死腹中，那个中西合璧的绿底“龙旗”也不了了之。
在否决了阿思本舰队的同时，清政府也认识到必须建立自己的舰队，并且需要有一个统一的标志。但是，催生中国第一面国旗却是因为一次事故。
1862年，在湖北境内的长江江面上，中国兵船与英国海军发生了一起斗殴事件，由于没有明确的标志，英国海军拒绝承认其为中国兵船，清政府面对自己完全陌生的国际惯例吃了个哑巴亏。这次事件发生后，恭亲王奕?写道：“适因湖北江南，皆有英人与我兵勇斗殴，焚毁兵船等事，屡向理论，而该国词穷，则以不能识别强辩，如我处师船亦一律竖立黄色龙旗，外国果能望而知为官船，不敢轻举妄动，未始非豫事队维之一法。”同时，法国公使哥士耆也向奕?提及外国船只通常会悬挂船旗，中国方面应当仿行。随后奕?联系时任两江总督、督办四省军务的曾国藩询问悬挂龙旗事宜，曾国藩随即复信：“各处师船，仿照外国竖立旗号之例，概用黄色龙旗，使彼一望即知，不敢妄动，且于行军无碍。嗣后除各营旗帜照常竖立外，应分饬各营另添龙旗一面，拟用三角尖旗，均用黄色画龙，龙头向上。”
在否决了阿思本舰队的同时，清政府也认识到必须建立自己的舰队，并且需要有一个统一的标志。但是，催生中国第一面国旗却是因为一次事故。
黄色龙旗传统上在清朝军旗中起统率作用，具有一定象征意义。奕?在最初的提议中，建议船旗的方案为“黄色龙旗”。曾国藩考虑到方形龙旗与八旗中正黄旗接近，因此削去一角为三角形以避免僭越。奕?和曾国藩的折子递上去之后，总理衙门又向慈禧提交了很多备选方案：八卦旗、麒麟旗、虎豹旗，也有一面与李泰国设计相仿的黄龙旗。
1862年10月17日，清政府批准了总理衙门的奏议，并委托总理衙门发表照会：“希即行知贵国各路水师及各船只。嗣后遇有前项黄龙旗帜，即系中国官船，应照外国之例，不准擅动。倘有移动，即照犯禁办理。”之后，中国所有水师船舰均悬挂三角形黄色龙旗，并以黄龙旗作为中国官船旗号。
1872年，总理衙门扩大了三角黄龙旗的使用范围，制定了具体的样式规范。1872年12月3日的《申报》上曾刊登对三角形黄龙旗的说明：北京总理衙门照会各西国官员，谓中国新定旗式，形如三角，色用黄，中画龙，用蓝色。所有福州、上海炮局所制船舶及各关口巡河船，均建此旗以标认识。随后在一些外交场合和博览会中政府使团和外国机构有时也会用三角形黄龙旗作为代国旗。然而这面三角形黄龙旗仅被称呼为“中国旗式”，在使用时“系为雇船捕盗而用，并未奏明定为万年国旗”。
1881年9月，北洋水师从英国订购的“扬威”、“超勇”两艘巡洋舰回国，由于三角形的旗与西方各国军舰上的国旗皆不相同，李鸿章经清廷批准制定了北洋水师军旗的质地、章色，并将黄龙旗改为长方形。同时，李鸿章在同西方列强谈判、签约、通商、互派外交人员等外交活动中，看到西方列国庄严悬挂国旗，而中国却无旗可挂，深感有失天朝威仪。他上奏慈禧太后：“今中国兵商各船日益加增，时与各国交接，自应重定旗式，以祟体制。”慈禧就命李鸿章负责设计图案。经过多方征集筛选，李鸿章上呈了八卦旗、黄龙旗、麒麟旗、虎豹旗等多种方案，供慈禧太后选定，最后决定使用黄龙旗为大清国旗。黄龙旗旗式一律照长方，照旧用正黄色羽纱制造。旗中青色飞龙，仍用羽纱照旧制镶嵌，龙头向上，五爪。此方案被清政府批准并“照会东西洋各国一体知照”。1888年《北洋海军章程》颁布，确定本为海军旗的“黄底蓝龙戏红珠图”为大清国旗。从此，中国有了第一面正式的国旗。
梁启超曾总结中国人认识西方的三个阶段：即先由器物、到制度、再到文化，但器物、制度到文化从来不是孤立的。国旗看上去只是一块布，没什么科技含量，几千年前的中国人就会制作。可国旗中蕴含的制度与观念，却是中国所无。国旗背后的制度与文化，国旗所代表的观念与精神，我们是不是真能理解?