据史记记载“闻古之圣人，不居朝廷，必在卜医之中。今吾已见三公九卿朝士大夫，皆可知矣。试之卜数中以观采。”三公是中国古代最尊显的三个官职的合称。周代己有此词，西汉今文经学家据《尚书大传》、《礼记》等书以为三公指司马、司徒、司空，古文经学家则据《周礼》以为太傅、太师、太保为三公。
西汉初承秦制辅佐皇帝治国者主要是丞相和御史大夫。另有最高军事长官太尉，但不常置。从武帝时起，因受经学影响，丞相、御史大夫和太尉也被称为三公。西汉时九卿是列卿或众卿之意。先秦文献中有三公九卿之说，但秦并没有这种制度，西汉初也不见九卿名称。仅武帝以后由于儒家复古思想的影响，人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。
三公九卿的特点
三公和九卿以及列卿等，都各有自己的府寺，以处理日常事务。大事总汇于丞相，或最后请皇帝裁决。
1.由皇帝任免，不得世袭。
2.分工明确，行政效率高。
3.丞相位高权重
4.新的较完备的官僚制度。
三公九卿的历史评价
秦始皇设立三公九卿制度，为封建专制主义中央集权国家制度的建立创造了雏形，对以后的历代封建王朝的建立，有着重要的影响。
三公九卿制度的基本结构从秦朝一直沿用到两晋，直至隋文帝创三省六部制。从三省六部制的结构上来看，也无处不有着三公九卿制结构的影子。此后，一直到明代，明太祖朱元璋废掉中书省、尚书省及门下省，六部直接对皇帝负责，中国古代历史中的中央官制三级制度才算寿终正寝。三公九卿这一制度沿用约达800年，并从结构上影响三省六部制，并左右中国古代中央官制约达700年。可以说，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中国历史上留下了浓重的一笔。
三公九卿制度虽在结构上沿用了近700年，但在其间，官职的名称及权利和三公九卿制的部分结构却一直在变动之中。并且，制度之外其他中央机构的出现也冲击了三公九卿制。