董卓在朝野内外都广布亲信，用上近似天子的服饰及车驾，呼召三台，尚书以下官员自行绕过朝廷到董卓家中议事，董卓与官员言语间略有不合即被当场杀死，引起朝野不满。司徒王允设反间计，挑拨董卓大将吕布杀死董卓(在《三国演义》，吕布与董卓关系变得恶劣是因为受到义父王允所命的虚构人物美女貂蝉所挑拨)，结果成功。根据史书记载，董卓身躯肥胖，弃尸后，陈尸示众;守尸的士兵在董卓肚脐眼中插上灯芯，点燃照明，持续了数天。苏轼以此事写了诗《郿坞》嘲笑董卓的下场：“衣中甲厚行何惧，坞里金多退足凭。毕竟英雄谁得似，脐脂自照不须灯。”董卓余党李傕和郭汜带兵进城，杀死王允，并把持朝廷大权。李傕等人把董卓骨灰合敛一棺殓葬，殓葬当天，大风大雨，雷电劈中其棺木，水流入墓穴，漂浮其棺木。
董卓此时将长安都交付王允管理，王允亦假意奉承。董卓亦因此将王允推心置腹，不作怀疑，王允于是能在此乱局中扶持王室，亦受朝臣倚仗。但王允同时亦秘密地与司隶校尉黄琬、尚书郑泰等谋诛董卓，于是上表请杨瓒和士孙瑞从武关出兵攻伐袁术，实质是为讨伐董卓。但因董卓怀疑不许而令图谋失败，王允唯留二人在朝。
初平二年(191年)，董卓到长安，自为太师，赐王允二千食邑。初平三年(192年)，王允与士孙瑞和杨瓒等人再图谋诛除董卓，于是乘着一次董卓因小事不满吕布而用手戟向他投掷以及吕布与婢女私通而不自安的机会，离间吕布和董卓，并告知他们的图谋，终令吕布参与，作为内应。最终，王允乘汉献帝病愈，董卓入朝拜贺的机会，让吕布成功刺杀董卓，并诛董卓三族，主簿田景也被杀。当时长安士民都争相庆祝。