康熙十九年(1680)，卫拉特蒙古准噶尔部统治回部后，对其首领实行人质制。1755清朝政府出兵平定了新疆准噶尔分裂势力，乾隆二十年五月，清军攻克伊犁，释放作为人质禁锢于伊犁的大和卓(名波罗尼都)、小和卓(名霍集占)。波罗尼都率领他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝军队。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众。大和卓返叶尔羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。1756年小和卓霍集占从伊犁逃回，参与卫拉特蒙古辉特部首领阿睦尔撒纳阴谋发动叛乱，兵败逃叶尔羌。

　　乾隆二十年(1755年)四月，清军奔袭伊犁，粉碎了准噶尔汗达瓦齐的叛乱，被准噶尔汗羁縻于伊犁的回部大和卓布拉尼敦、小和卓霍集占获得解救，归附清廷。尔后，清廷派兵护送布拉尼敦回到旧都叶尔羌，统领旧部;将霍集占留于伊犁，掌管回部事务。当年秋，辉特汗阿睦尔撒纳起兵叛清，霍集占率众助逆，以图独主回疆。

　　二十一年(1756年)，清军收复伊犁，霍集占返回叶尔羌，徘徊观望。二十二年(1757年)四月，霍集占自立为巴图尔汗，传檄各城首领，召集兵马，准备与清军作战。库车、拜城、阿克苏3城之阿奇伯木克、如鄂对等人，不肯从叛，奔伊犁报告并请求支援。时驻伊犁定边右副将军兆惠正与阿睦尔撒纳作战(参见清平阿睦尔撒纳之战)，派副都统阿敏道率兵前去弹压。五月，霍集占击败清军，杀阿敏道。

　　二十三年(1758年)正月，阿睦尔撒纳叛乱被基本平息，清廷遂转军征讨大小和卓。正月二十六日，乾隆帝宣谕回部各城，宣示了专剿首逆、招抚多数的方针。同时，委任指挥平定回部作战的将帅，以雅尔哈善为靖逆将军，都统哈宁阿为参赞大臣，副都统顺德纳、爱隆阿为领队大臣。五月，雅尔哈善率满、汉清军万余人，以鄂对等为向导，由吐鲁番抵达库车。库车原为鄂对所领，霍集占叛乱后，杀鄂对亲属，派头人阿卜都克勒木驻守，领兵千人左右。雅尔哈善率军抵库车后，未以优势兵力迅速攻下城池，而是采取围困的战术，虽打退过守敌几次进攻，但失去了破城的良机。

　　六月，霍集占率领8000骑兵，前来救援库车。领队大臣副都统爱隆阿拦截，于和托鼐歼其前队3000人。十六日，两军又在库车城外鄂根河畔交战，清军歼敌1600余人，夺其大纛。然而，霍集占最终率领数千名精兵，进入库车。清军仍用围困之术，霍集占于二十四日夜撤出库车，往阿克苏。八月，库车守敌降。库车虽下，活捉叛首的最好战机已被雅尔哈善丧失，致使战争升级。阿克苏、乌什皆闭门不纳大、小和卓，大和卓至喀什噶尔(今新疆喀什)，小和卓至叶尔羌，互为声援。时清军已于西北连续作战3年有余，师劳饷耗，加之清军于库车城外两度败敌，乌什、阿克苏、库车、和阗等城皆附清廷，致使清廷产生急躁、轻敌情绪，并影响到前线主帅。八月初，定边将军兆惠奉旨，率800人清军由伊犁前往库车，代替雅尔哈善，指挥平回作战。兆惠所部进入回疆后，得知库车已下，便留副将富德驻阿克苏，为第二梯队，自率马步兵4000余往小和卓霍集占所在之叶尔羌。十月初三日，兆惠所部抵辉齐阿里克，距叶尔羌城40里，隔叶尔羌河扎营。初六日，清军与霍集占军接战，三战三捷。兆惠遣副都统爱隆阿率兵800，防截喀什噶尔之援敌。十三日，兆惠留部分兵力守营，自率干余骑兵劫城南敌之牧群，以补充给养，攻至叶尔羌城外，方渡河400余骑而桥断。霍集占步骑约1.5万余突出围攻。兆惠身先士卒，率军士力战，浮水还营。叛军万余乘势渡河，包围清军大营。清军顽强固守，相持3月之久(参见黑水营之战)。

　　二十四年(1759年)正月初六日，富德率兵自阿克苏来援，转战5日4夜;兆惠亦组织所部奋力突围。十四日，两军会合，霍集占叛军遁入叶尔羌城固守。清军由于连日作战过度疲乏，返回阿克苏休整。霍集占见清军退去，乘势占领和阗所属两座回城。和阗共有6座回城，回人6万户，盛产粮食。它南连卫藏，东达青海，西接布鲁特，地理位置十分重要。所以乾隆帝一再催促兆惠，迅速收复和阗。四月，兆惠遣富德率部夺回和阗，大、小和卓一时无计可施，便固守于喀什噶尔和叶尔羌，观望动向，其兵力约有10万。清军积极进行进攻准备。除兆惠、富德原有的8000清军外，又增调1万人绿营兵，并配备了充足的攻城兵器。

　　六月初二日，定边右副将军富德率部由和阗出发，和阗6城伯克带650人回兵从征，进攻叶尔羌;六月十一日，定边将军兆惠率部由乌什出发，进攻喀什噶尔。两支清军密切协同，同时深入，且走且停，以息养马力。大、小和卓于清军到达之前，便弃城退往巴达克山(今属阿富汗)，企图待清军粮尽退兵，再重返旧地。闰六月十四、十八日，清军分别进入喀什噶尔、叶尔羌。富德率部追击叛首。明瑞部千人于霍斯库岭同叛军6000人交战3小时，歼叛军500人。

　　七月初七日，富德于阿尔楚山追及霍集占，歼叛军千余，阵斩其骁将阿布都。七月初十日，大、小和卓于巴达克山边境和什珠克岭阻击清军，被清军大败，仅率300余人逃进巴达克山境。巴达克山汗索勒坦沙在阿尔浑楚岭战斗中擒大、小和卓。至此，大、小和卓动乱被平息。从而结束了天山南北地区的分裂局面。

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　　康熙十九年(1680)，卫拉特蒙古准噶尔部统治回部后，对其首领实行人质制。1755清朝政府出兵平定了新疆准噶尔分裂势力，乾隆二十年五月，清军攻克伊犁，释放作为人质禁锢于伊犁的大和卓(名波罗尼都)、小和卓(名霍集占)。波罗尼都率领他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝军队。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众。大和卓返叶尔羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。1756年小和卓霍集占从伊犁逃回，参与卫拉特蒙古辉特部首领阿睦尔撒纳阴谋发动叛乱，兵败逃叶尔羌。

　　乾隆二十二年(1757年)，杀害清廷所遣前往招抚的副都统阿敏道，自立为巴图尔汗，波罗尼都受到鼓动。他们号召各城起兵反清，一起集众数十万叛乱，举兵反对清朝政府，叛军控制了天山南路的大部分地方。

　　乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅尔哈善为靖逆将军，率满、汉兵万余自吐鲁番进发，进入南疆(天山南路)平叛。起初，清军出师不利。但由于大小和卓残酷地压迫维吾尔族人民，“兵饷、徭役繁兴，供给稍迟，家立破;及出亡(兵败逃亡)，又尽其赀以行，民脂殆竭” [1] 。人民不堪其苦，纷纷逃亡。五月，围叛军据点库车。大、小和卓率万余鸟枪兵自叶尔羌经阿克苏赴援，被清军击败，伤亡4000余人，旋率残部入库车固守。雅尔哈善未乘胜进击，而坐守军营终日博弈，疏于戒备，致使大、小和卓乘夜率400骑逃遁，雅尔哈善以贻误军机罪被处死。清军攻克库车后，小和卓逃到阿克苏，守城维吾尔族人闭门不纳，只得逃到乌什，同样为乌什维族人所拒，遂退保叶尔羌。大和卓则据守喀什噶尔。大小和卓相约各守一城。两人相为倚角，抗击清军。十月，定边将军兆惠率步骑4000至叶尔羌，三战三胜，然以兵少不能取城，即于城东隔河结“黑水营”自固待援。叛军万余人包围黑水营，用炮轰、水淹、偷袭等方式频繁攻击。清军坚守三个月，伤亡甚众。

　　二十四年正月，清定边右副将军富德率兵3000自乌鲁木齐驰援，至呼尔满(今莎车东北)，与叛军骑兵5000激战四五昼夜，获胜，渡叶尔羌河，与参赞舒赫德、都统阿里衮部会师。兆惠闻援军至，督兵突围。清军会师振旅，还阿克苏。

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　　巴达克山汗索勒坦沙在阿尔浑楚岭战斗中擒大、小和卓。至此，大、小和卓动乱被平息。从而结束了天山南北地区的分裂局面。

　　六月，兆惠和富德各率兵1.5万分别攻喀什噶尔和叶尔羌。清军两路会师在叶尔羌城东黑水河畔击败叛军，乘胜分军，攻取喀什噶尔和叶尔羌。大小和卓见大势已去，大掠城中财物后率部弃城南逃，越葱岭西遁，逃往帕米尔。清军追至伊西洱库尔淖尔，将叛军围在山岭上，一面施放火器，一面大呼招降。叛军“降者蔽山而下，声如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《圣武记·乾隆勘定回疆记》)。清军获叛军降卒1.2万余。

　　1759年夏天，大小和卓带着妻孥旧仆三四百人逃奔巴达克山(今阿富汗东部)。清军派人与巴达克当地部族交涉，八月，大、小和卓被巴达克山部首领素勒坦沙执杀，把尸首送交清朝。(《圣武记·乾隆勘定回疆记》)

　　乾隆二十五年(1760年)正月末，浩罕、巴达克山、博洛尔使臣至京。正月二十七日(1760年2月27日)，乾隆皇帝升御座于午门，行受俘礼，额尔登额等官兵将霍集占首级进献阙下。二月二十七日(西历4月12日)，兆惠、富德、明瑞、巴禄等将士抵京。乾隆皇帝驻跸良乡县(县治在今北京市房山区良乡镇)黄新庄，郊劳西征诸将士，筑坛告天，并设宴款待将军大臣与回部王公、伯克。三月三日(西历4月18日)，乾隆皇帝在丰泽园(今中南海内)宴请兆惠、富德、明瑞、巴禄与回部王公伯克、文武大臣，赏赐出征将士帑银、缎匹。

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　　乾隆二十年(1755年)四月，清军奔袭伊犁，粉碎了准噶尔汗达瓦齐的叛乱，被准噶尔汗羁縻于伊犁的回部大和卓布拉尼敦、小和卓霍集占获得解救，归附清廷。尔后，清廷派兵护送布拉尼敦回到旧都叶尔羌，统领旧部;将霍集占留于伊犁，掌管回部事务。当年秋，辉特汗阿睦尔撒纳起兵叛清，霍集占率众助逆，以图独主回疆。二十一年(1756年)，清军收复伊犁，霍集占返回叶尔羌，徘徊观望。

　　二十二年(1757年)四月，霍集占自立为巴图尔汗，传檄各城首领，召集兵马，准备与清军作战。库车、拜城、阿克苏3城之阿奇伯木克、如鄂对等人，不肯从叛，奔伊犁报告并请求支援。时驻伊犁定边右副将军兆惠正与阿睦尔撒纳作战，派副都统阿敏道率兵前去弹压。五月，霍集占击败清军，杀阿敏道。

　　清朝两征准噶尔、一定回部，统一天山南北的战争历时五年，至此大功告成。其中有乾隆帝的运筹帷幄，数万将士的浴血奋战，还得到维吾尔族地方首领和各地民众的支持。战后被列入平定西域紫光阁前后五十功臣的维吾尔族地方首领依次有吐鲁番的额敏和卓、乌什的霍集斯、库车的鄂对、哈密的玉素富、和阗的阿什默特、喀什噶尔的噶尔默特。

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清朝两征准噶尔、一定回部，统一天山南北的战争历时五年，至此大功告成。